Báo Người Cao Tuổi đã thực hiện cuộc điều tra độc lập, về các trường hợp cán bộ, phóng viên của báo Đại Đoàn Kết bị Tổng biên tập Đinh Đức Lập trù úm trong suốt khoảng thời gian ông Lập về nhận chức, dù kêu cứu nhiều lần lên lãnh đạo của Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.[4]

Nhà báo Hữu Nguyên, Phó Ban Đại diện báo Đại Đoàn Kết tại Thành phố Hồ Chí Minh; Nhà báo Nguyễn Mạnh Thắng, nguyên Phó Ban phụ trách Ban Văn hóa Nghệ thuật); Nhà báo Đặng Thị Kim Ngân, Phó Trưởng ban Khoa giáo đã công khai tố cáo các sai phạm của ông Đinh Đức Lập từ năm 2010 cho đến nay.[5].

Ông Lập bị cáo buộc đã khai hồ sơ giả để được cấp Thẻ nhà báo trong khi trên thực tế không đủ tiêu chuẩn để cấp Thẻ nhà báo theo quy định của Luật Báo chí.

Nhà báo Nguyễn Mạnh Thắng, Phó trưởng ban Văn hóa Nghệ thuật của báo Đại Đoàn Kết cho rằng ông đã bị lãnh đạo cấp trên trù dập khi ông đang tố cáo sai phạm của bí thư chi bộ, tổng biên tập Đinh Đức Lập. Ông Đinh Đức Lập đã ký Quyết định ngày 20 tháng 7 năm 2012 thuyên chuyển công tác của ông Thắng sang phó ban kỹ thuật quản trị mạng (một lĩnh vực mà ông Thắng không được đào tạo). Quyết định này vi phạm điều 8 và điều 37 của Luật tố cáo. Cùng với ông Thắng, Nhà báo Hữu Nguyên (Phó Trưởng ban Đại diện báo Đại Đoàn Kết tại Thành phố Hồ Chí Minh) cũng cáo buộc Tổng Biên tập đương nhiệm trù dập người tố cáo, trong khi mới đây, đã ra quyết định kỷ luật ông trái với các quy định của pháp luật hiện hành.[6]

Đối với Nhà báo Đặng Thị Kim Ngân, Phó Trưởng ban Khoa giáo báo Đại Đoàn Kết cũng không đồng tình với quyết định bao che của ông Lập, với tư cách là Tổng biên tập của báo, đối với một nhân viên dưới quyền, mà nhân viên này là người có liên quan đến vụ môi giới hối lộ cho ông Kim Quốc Hoa, Tổng biên tập báo Người Cao Tuổi, nhằm vận động báo này chấm dứt việc đăng loạt bài về những tiêu cực của một số cán bộ lãnh đạo của Trường Đại học Kinh tế Quốc dân[7].[8].

Ông Lập cũng được cho là là người phát ngôn trong đoạn video clip (băng ghi âm) được đăng trên Youtube [9], nói về một số người trong Bộ Chính trị ép ông bán trụ sở Báo Đại Đoàn Kết tại Đà Nẵng cho tư nhân. Tuy nhiên, sau đó ông Lập đã bác bỏ mọi cáo buộc.[10]

Liên quan đến vụ việc, báo Người Cao Tuổi cũng dẫn nguồn tin cho biết, cháu ruột ông Đinh Đức Lập, là Đinh Quang Sơn, Phó Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính báo Đại Đoàn Kết đã bỏ trốn, chiếm dụng hàng tỷ đồng.[11][12]

Mới đây, ông Đinh Đức Lập tiếp tục bị cáo buộc "Vi phạm quy định của Thủ tướng Chính phủ về tổ chức trao cúp, huy động kinh phí". Cơ quan của Trung ương Hội Người cao Tuổi Việt Nam (một thành viên của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam) cho rằng, ông Lập đã vi phạm Quyết định 51/2010/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ Việt Nam ký ngày 28 tháng 7 năm 2010(gọi tắt là Quy chế 51). Trong đó, ông Lập tự ra quy chế tổ chức chương trình trao Cúp Tự hào Thương hiệu Việt, đồng thời tổ chức tuyên truyền rầm rộ, đăng báo quảng cáo, trả lời phỏng vấn để đánh bóng hình ảnh, tên tuổi của cá nhân. Ngày 30/7/2011, cúp này đã được trao cho các doanh nghiệp tự xét từ nguồn huy động kinh phí của các đơn vị.[13]. Tổng Biên tập Đinh Đức Lập công khai chức danh Trưởng ban tổ chức trên báo Đại đoàn kết. Báo này là nhà tổ chức chính còn Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các đơn vị khác chỉ phối hợp.

Tại Dự án Khu đô thị Bắc Đại Kim, là công trình xây dựng nhà cho cán bộ, nhân viên Báo Đại Đoàn Kết đã có từ năm 2000. Với tổng diện tích trên 4.000 mét vuông. Sau 10 năm bất động, đến năm 2010, ông Đinh Đức Lập tự tuyên bố thành lập Ban Dự án của báo, do đích thân ông phụ trách và chủ trì đôn đốc việc huy động vốn. Từ năm 2010 đến 2012, gần 80 người cả đang làm việc, đã về hưu, hay đã chuyển công tác nhưng tham gia dự án từ năm 2000 đều đã nộp tiền. Tổng cộng, Ban Dự án của báo đã thu tiền đến 4 đợt, ước tính số tiền hàng chục tỷ đồng.

Sự việc trở nên phức tạp vào ngày 7/1/2013, khi bà Lê Thị Kim Yến, Trưởng ban Quản lý Dự án Bắc Đại Kim cho rằng, tính từ năm 2010 đến nay, phía chủ đầu tư chỉ nhận được thanh toán từ Báo Đại Đoàn Kết số tiền trên 1 tỷ đồng, và 45 triệu tiền cho công tác giải phóng mặt bằng. Còn lại hàng tỷ đồng, vẫn chưa nhận được.

Trước áp lực của tập thể cán bộ, công nhân viên chức của báo Đại Đoàn Kết, ông Lập đã cử cấp dưới là Đinh Quang Sơn (cháu ruột của ông Đinh Đức Lập) mang 5 tỷ đồng tới nhà riêng của bà Yến để nộp vào ngày 29 tháng 12 năm 2012, nhưng bà Yến không nhận. Sau đó, nhiều người khác đã cáo buộc hành vi chiếm dụng trái phép của Ban Dự án, do ông Lập chủ trì.[14]